Vodáctví je neodmyslitelnou součástí jihočeské letní rekreace a Třeboňsko v tomto směru rozhodně nezaostává. Přestože Třeboň samotná neleží přímo na velké řece, v její blízkosti protéká řeka Lužnice, která je vodáckým rájem pro začátečníky i zkušené vodáky. Oblíbený úsek z Suchdola nad Lužnicí přes Majdalenu, Třeboňsko až po Veselí nad Lužnicí nabízí klidnou a romantickou plavbu meandrující krajinou, rybníky, mokřady a starými lužními lesy. Řeka má pohodový proud a dostatek vody většinu sezóny, což ji činí ideální pro rodiny s dětmi i školní výlety.
Jihočeský kraj je obecně vodáckou velmocí – kromě Lužnice je velmi oblíbená také Vltava, zejména úsek z Vyššího Brodu přes Český Krumlov až po Boršov nad Vltavou. Na všech trasách nechybí půjčovny lodí, kempy, občerstvení a doprovodné služby. Každý rok se zde konají vodácké akce a festivaly, které oslavují řeku jako místo zábavy, přátelství i respektu k přírodě. Vodáctví tak na jihu Čech není jen sportem, ale také životním stylem a způsobem, jak si užít krásu krajiny z jiné perspektivy – z hladiny vody.
